Aynı yıl yurda dönerek Harran Üniversitesinde Doktor Öğretim Üyesi olarak göreve başlayan Nacar, akademik çalışmalarını Grid Bilişim, Bulut Bilişim ve Yüksek Başarımlı Hesaplama konularında yapmıştır. Dr. Nacar, akademik alanı ile ilgili Kalkınma Bakanlığı, TÜBİTAK ve GAP BKİ gibi kuruluşların desteği ile yüksek bütçeli projeler yürütmüş ve tamamlamıştır.
Mehmet Akif Nacar, Harran Üniversitesi’nde 2009-2010 yılları arasında Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümünde, 2010-2011 yılları arasında Endüstri Mühendisliği Bölümünde, 2010-2014 yılları arasında Bilgisayar Mühendisliği Bölümünde Bölüm Başkanı olarak görev yapmıştır.
Dr. Nacar, 2009-2013 yılları arasında Bilgi İşlem Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürlüğü, 2013-2016 yılları arasında Bilgi Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi Müdürlüğü yaptığı Harran Üniversitesi’nde 2016-2017 yılları arasında Genel Sekreter, 2015-2017 yılları arasında da Rektör Danışmanı olarak görev yapmıştır.
16 Mayıs 2017 tarihinde HAVELSAN’da Eğitim ve Simülasyon Teknolojileri Genel Müdür Yardımcılığı görevine getirilen Dr. Nacar, 2018 yılında EHSİM (Elektronik Harp Sistemleri Mühendislik Ticaret Anonim Şirketi) Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini yürütmüştür.
Nacar, 2017 yılında Yönetim Kurulu Üyeliğine getirildiği HAVELSAN’ın ABD Silikon Vadisi’ndeki teknoloji şirketi Quantum3D’de, 2020 yılından itibaren Yönetim Kurulu Başkanı olarak görev yapmaktadır.
Dr. Mehmet Akif Nacar, HAVELSAN ve Turkish Technic ortaklığıyla 2018 yılında kurulan ve kabin içi eğlence sistemleri geliştiren Cornea Havacılık Sistemleri Sanayi ve Ticaret A.Ş.’de 2019 yılında Yönetim Kurulu Üyesi olarak üstlendiği görevi halen Yönetim Kurulu Başkan Yardımcısı unvanıyla sürdürmektedir.
Nacar, Üniversite-Sanayi İş Birlikleri kapsamında bugüne kadar; Şanlıurfa Teknokent Kurucu Üyeliği ve Yönetim Kurulu Üyeliği, KOSGEB Ar-Ge Kurulu Üyeliği, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı Kamu-Üniversite- Sanayi İş Birliği (KÜSİ) İl Temsilciliği, Türk Patent Enstitüsü (TPE) Fikri ve Mülki Haklar Projesi Üniversite Temsilciliği yaptı. Üniversite-Sanayi İş Birlikleri kapsamında KOSGEB Ar-Ge Proje Danışmanlığı, TÜBİTAK TEYDEB Hakemlik ve İzleyiciliği de yapan Nacar, TÜBİTAK KAMAG Panelist ve İzleyiciliği, Kalkınma Bakanlığı Araştırma Projeleri Panelistliğinde de bulunmuştur. Nacar, Ar-Ge ve girişimcilik konularında ulusal düzeydeki pek çok projede (TEYDEB, Santez, Teknogirişim) panelist/hakem/izleyici/danışman olarak görevler yapmıştır. Nacar, TÜBİTAK Ulakbim TRUBA Danışma Kurulu Üyeliği, TÜBİTAK TEYDEB Bulut Bilişim Danışma Kurulu Üyeliği görevlerini de yürütmüştür.
ULAK Haberleşme A.Ş. Yönetim Kurulu üyesi olarak görev yapmaktadır.